Personal från Markor, som BASF samarbetat med i regionen, påstås ha varit inblandade i kränkningar av den huvudsakligen muslimska gruppen, enligt tyska medier.
Personalen ska ha deltagit i hembesök hos uiguriska familjer för att spionera på dem, och därefter vidarebefordrat uppgifter till kinesiska myndigheter under 2018 och 2019, vilket ledde till att många uigurer fängslades.
BASF säger i ett uttalande att medierapporteringen "innehåller allvarliga anklagelser som tyder på agerande som är oförenligt med BASF:s värderingar".
Bolaget meddelade i slutet av förra året att det planerade att lämna de gemensamma företagen på grund av affärsmässiga och miljömässiga problem.
