Så kallade överträdelseprocedurer har formellt inletts mot de två länderna för deras system med olika priser vid mackarna beroende på varifrån bilarna kommer.
Enligt kommissionen är det en brott mot en hel rad grundläggande regler i EU, om allt från fri rörlighet för gods, tjänster och arbetare till jämställd behandling och näringsfrihet.
Länderna har nu två månader på sig att reagera.
