Mannen greps och anhölls förra helgen efter en Säpoinsats. I tisdags släpptes han på fri fot men misstankarna kvarstod.
Enligt SVT Nyheter har misstankarna kunnat kopplas till Tobias Thybergs hastiga avgång.
UD bekräftar: Spionmisstänkt diplomat hittad död
Mannen misstänks för spioneri som ska ha begåtts i Stockholm mellan den 1 maj och 11 maj i år.
Mannen ska ha avlidit under natten, enligt uppgifter till TT, som nu också bekräftats av UD.
"Vi kan dessvärre bekräfta att en medarbetare vid utrikesförvaltningen har avlidit. Av hänsyn till anhöriga går vi inte in på några ytterligare detaljer", skriver utrikesdepartementets expeditionschef i en kommentar till TT.
Mannens advokat Anton Strand säger till TT att hans tankar går till mannens anhöriga.
– Jag nåddes av detta fruktansvärda besked tidigt i morse, säger han och fortsätter:
— Ett flertal myndigheter har att utvärdera detta så småningom och överväga vad som kunde hanterats bättre.
Anton Strand har tidigare uppgett att den spionmisstänkte mannen fick sjukhusvård efter att han släpptes, efter inrådan från hans arbetsgivare utrikesdepartementet.
– Han mår inte bra. Tre dagar i polisarrest skulle jag tro att alla mår dåligt av. Dessutom har han tilldragit sig skador på kroppen. Av det skälet har han gjort en anmälan om misshandel och tjänstefel mot poliserna, sade Strand då.
Polisen har anmälts för tjänstefel och misshandel med anledning av att den misstänktes port och lägenhetsdörr ska ha slagits sönder under insatsen.
Enligt advokaten finns det flera "konstiga omständigheter" kring gripandet.
– Utöver att de har sönder både port och lägenhetsdörr så har de inte identifierat sig som poliser, har han tidigare sagt till TT.
– De har skrikit på annat språk än svenska, varvid han tror att det är ett rån eller något annat. Inte förrän han sitter i en bil får han veta att de är poliser. Trots att de är civilklädda och vissa med maskering.
