Nio bolivianer, däribland Morales, förbjöds inresa på obestämd tid enligt Bolivias inrikesdepartement.
Morales har uttryckt sitt stöd för de växande protesterna mot president Dina Boluarte som tog över makten i de kaosartade och kuppliknande politiska vändningarna i Peru i december.
Bolivias tidigare kontroversielle president Morales har återvänt till Bolivia efter exil sedan han själv lämnat makten La Paz efter protester.
Kritiken mot Perus nuvarande president är särskilt stark i regionen Puno som gränsar till Bolivia.
