Tusentals människor uppmanas också att lämna sina hem, och i de drabbade områdena har många vägar svämmat över och tågtrafik ställts in.
Översvämningarna i Japan är en följd av den tidigare tyfonen Mawar, nu nedgraderad till en tropisk storm, som tidigare i veckan drog fram över Taiwan och Filippinerna.
Upp till 25 cm regn väntas falla över delar av västra och centrala Japan under lördagen.
