Senare under dagen meddelade kustbevakningen att alla 120 passagerare ombord har räddats.
"Alla som var ombord på färjan är i säkerhet", säger kustbevakningens talesperson Joy Gumatay i ett uttalande.
Frekventa oväder, bristande underhåll av fartyg eller överlastade farkoster gör att det inte är ovanligt med olyckor till havs i Filippinerna.