Revolutionsgardet meddelar att fem av gardets medlemmar dödats i attacken.
Enligt uppgifter till iranska medier är revolutionsgardets underrättelsechef i Syrien, liksom biträdande underrättelsechefen, bland dem som dödats.
Iran förbehåller sig rätten att svara på attacken, och kommer att göra det "vid lämplig tid och plats", uppger utrikesdepartementets talesperson Nasser Kanani.
Ingen israelisk kommentar
Irans president Ebrahim Raisi har fördömt attacken, enligt iranska medier, och sagt att sådana dåd inte kommer att förbli obesvarade.
Israels militär har inte kommenterat attacken.
Det var ett bostadshus med flera våningar som träffades. En stor rökplym steg från platsen där den attackerade byggnaden blivit en hög med spillror, och räddningsarbetare letade efter överlevare.
Minst tio personer dödades i anfallet, uppger brittiskbaserade Syriska människorättsobservatoriet (SOHR).
SOHR: Riktade sig mot ledare
Enligt SOHR, som har ett nätverk av källor i Syrien, användes byggnaden av ledare i iranska revolutionsgardet liksom propalestinska grupper.
Ett möte rapporteras ha pågått när attacken inträffade. SOHR-chefen Rami Abdel Rahman säger att attacken riktade sig mot ledande personer i de grupperna.
I slutet av december i fjol dödades den iranske generalmajoren Razi Moussavi i ett israeliskt flyganfall i Syrien.
