Barnen är mellan tre och 17 år gamla, och mamman till ett av barnen kommer också att vårdas i Spanien.
"De här mycket sjuka barnen kommer att få den vård de behöver tack vare samarbete mellan olika partner och länder", säger WHO-chefen Tedros Adhanom Ghebreyesus i ett uttalande.
Patienterna har vårdats i Egypten i flera månader efter att ha evakuerats från Gaza.
