I angreppet mot en militäranläggning så har även vapen och ammunition stulits.
Källor i Bolivias militär säger att "beväpnade grupper" ligger bakom kidnappningen.
Morales tvingades lämna makten sedan han försökt att bli återvald genom att förändra Bolivias grundlag. Han lämnade då landet, och har sedan dess kommit i konflikt med de styrande inom hans gamla parti.
