16 människor räddades ur vattnet och en sökinsats pågår.
Det är bara tre dagar sedan ett annat haveri i närheten tog minst åtta liv, varav sex barn. Rutten norr om Samos används ofta av människosmugglare.
Migrantinflödet till Grekland har ökat med nära 25 procent det senaste året, enligt uppgifter från landets migrationsdepartement.
