Båten, som enligt kustbevakningen kördes av människosmugglare, uppges ha gjort en "farlig manöver" när den försökte undkomma en patrullbåt, vilket ledde till att migranter föll i vattnet.
En räddnings- och bärgningsinsats pågår och innefattar fartyg och helikoptrar, enligt grekiska myndigheter. Motorbåten ska ha sjunkit i Egeiska havet.