Vid två tidigare tillfällen har åtgärderna, som anses kontroversiella, stoppats men den här gången fördes personerna till två för ändamålet uppbyggda asyl- och migrationscentraler i Tirana.
Italien har öronmärkt motsvarande 650 miljoner euro för driften. Tillsammans ska de kunna ta emot 3 000 migranter i månaden som via havsvägen försökt att ta sig in i Italien.