Macrons anklagelse framfördes när Moldaviens president Maia Sandu besökte Paris på måndagen.
Sandu svors in som president för en andra mandatperiod i den forna sovjetrepubliken, men valet kantades enligt bedömare av försök från Moskva att påverka utgången.
— Vi har beslutat att återigen förstärka vårt samarbete för att förstärka Moldaviens motståndskraft mot utländsk påverkan, sade Macron.
De två statscheferna undertecknade i Élyséepalatset ett avtal om samarbete för att upptäcka och stoppa digitala desinformationskampanjer.
Moldavien gränsar till Ukraina, och lever under hotet att rysk aggression ska riktas mot landet.
