"Flyglarmet användes i enlighet med våra föreskrifter", skriver man i inlägget.
Roboten ska enligt militären ha oskadliggjorts innan den korsade gränsen till Israel.
Den Iranstödda Huthirörelsen i Jemen skjuter regelbundet robotar mot Israel sedan kriget i Gaza bröt ut i oktober 2023. Även fartyg har attackerats i Röda havet.