I ett brev till Harvard motiveras beslutet med att universitetet blivit en "grogrund för dygdsignalering och diskriminering". Lärosätet har enligt brevet en kamp i "brant uppförsbacke" framför sig för att återta sitt arv av "akademisk briljans".
Harvard har inte kommenterat Trump-regeringens senaste åtgärd.
Lärosätet har straffats med allt hårdare sanktioner från Vita huset efter att ha vägrat underkasta sig regeringen krav vad gäller att begränsa propalestinska demonstrationer samt program för mångfald och inkludering.
Regeringen har tidigare stoppat statliga anslag på 2,2 miljarder dollar och hotat ta bort universitetets skattefrihet.
