Estlands flotta fick nej av tankern Jaguar när de försökte borda fartyget vid ön Nargö (Naissaar) utanför Tallinn i tisdags. Skeppet är utsatt för sanktioner från Storbritannien, och misstänks segla under falsk flagg.
Enligt Estlands utrikesminister Margus Tsahkna svarade Ryssland genom att skicka ett stridsplan till platsen.
Nato står i kontakt med Estland efter incidenten, uppger försvarsalliansens generalsekreterare Mark Rutte.
— Vi har sett flera av de här sakerna under de senaste 6–12 månaderna. Nato och Estland är i nära kontakt om det här och samordnar så att vi vet exakt vad som händer. Det här är varför vi agerar tillsammans i den här regionen, säger han under dagens Natomöte i Turkiet.
Planet, av typen Suchoj Su-35, flög i området kring Jumindahalvön utmed Finska viken och befann sig i estniskt luftrum i mindre än en minut, enligt ett pressmeddelande från Estlands försvarsmakt. Planets transpondrar var avstängda och piloten upprätthöll ingen tvåvägskommunikation med den estniska flygtrafikledningen.
Portugisiska stridsplan av typen F-16, utplacerade på flygbasen i Ämari som en del av Natos luftövervakning, skickades då upp och genomförde en rekognoseringsflygning.
Estlands utrikesdepartement har kallat upp Rysslands chargé d'affaires i landet.
"Detta är en mycket allvarlig och beklaglig händelse, som är fullständigt oacceptabel", skriver Margus Tsahkna i ett inlägg på X.