Domaren Myong Joun beordrar också departementet att återanställa anställda som blivit av med jobbet.
Beskedet innebär ett bakslag för ett av löftena som Trump gav under presidentvalkampanjen.
Utbildningsministern Linda McMahon har sedan tidigare fått i uppdrag att vidta "alla nödvändiga åtgärder" för att kunna lägga ned departementet och överlåta ansvaret till delstaterna.
Tidigare var 4 100 personer anställda på departementet, varav många av dem redan har blivit uppsagda.
Enligt Trumpstyret är målet med uppsägningarna effektivisering, inte att departementet ska läggas ned helt. Presidenten vill att det ska läggas ned men vet att det är något som behöver genomföras av kongressen, enligt regeringen.
