Kennedy, som innan han utsågs till minister var en av USA:s mest framträdande vaccinskeptiker, uppger att han ska utse ett nytt råd med sina personliga val. Det nya rådet ska vara på plats om två veckor.
Vaccinrådet ses som opolitiskt. Men samtliga av de 17 rådsmedlemmar som nu avsätts var tillsatta av den förre presidenten Joe Biden.
”Det behövs en totalstädning för att återupprätta allmänhetens förtroende för vaccinvetenskapen", skriver Kennedy i en debattartikel i Wall Street Journal.
Kommitténs rekommendationer ligger bland annat till grund för vilka som erbjuds vaccin av vården och under vilka omständigheter.
Enligt Kennedy har de avsatta medlemmarna olika intressekonflikter.
Bill Cassidy, republikansk senator och läkare, hade invändningar när Kennedys nominering som minister granskades av kongressen men röstade i slutändan ja. Nu fruktar han att det nya rådet kommer att ”fyllas av människor som inte vet något om vacciner”.
”Jag har precis talat med minister Kennedy och jag kommer att fortsätta att tala med honom för att säkerställa att det inte blir så”, skriver han i sociala medier.
Intresseorganisationer och yrkesförbund för läkare kritiserar också beslutet.
