Bakom vattenmassorna ligger de årliga monsunregnen. Vädret har slagit värst mot provinsen Khyber Pakhtunkhwa i nordväst där 23 människor dött, varav tio barn, enligt myndigheterna.
I Punjabprovinsen i öst har 21 personer mist livet, varav 11 barn.
De faktiska dödsorsakerna varierar, Al Jazeera rapporterar att tak rasat in och hela byggnader fallit samman på vissa platser.
Totalt har 64 människor dödats och 117 skadats den senaste veckan.