Flera besättningsmedlemmar uppges vara i vattnet och minst fem av dem ska ha räddats.
Eternity C var på väg norrut mot Suezkanalen när det besköts av personer i små båtar samt med bombbärande drönare, enligt EU:s marina insats som bekämpar pirater i regionen.
På måndagen uppgav EU-insatsen Aspides för nyhetsbyrån AP att tre personer har dött efter attacken.