Uppgörelsen, som en militärdomstol tidigare fann bindande, har väckt ilska bland anhöriga till offren för terrordåden. I fjol tog dåvarande försvarsminister lloyd Austin initiativ till att upphäva den, vilket senare kritiserats för att vara ministerstyre.
Austin ”agerade inom ramarna för sina rättsliga befogenheter, och vi avstår från att ifrågasätta hans omdöme", skriver domarna.
Uppgörelsen gällde även Mohammeds två medbrottslingar, Walid bin Attash och Mustafa al-Hawsawi.
De tre männen greps 2003 och hålls frihetsberövade på Guantanamo Bay. Den utdragna rättsprocessen har påverkats av frågan om huruvida den tortyr de utsatts för i CIA:s häkte har påverkat bevisningen.
