En person har omkommit i staden Osan, där en tio meter hög stödmur rasade ned på vägen och krossade mannens bil.
Tre andra personer har rapporterats döda i separata fall, bland annat i en flod och en översvämmad källare, uppger inrikes- och säkerhetsdepartementet.
Sydkorea brukar drabbas av monsunregn i juli, men i tre områden i provinsen Södra Chungcheong har veckans skyfall varit bland de kraftigaste som noterats sedan fullständiga mätningar började göras år 1904, meddelar landets väderbyrå. I delar av provinsen har det totalt fallit så mycket som 420 millimeter regn sedan i onsdags.
I västra Seosan har 114,9 millimeter regn fallit per timme. I sydkoreansk tv visas videoklipp på omfattande översvämningar i området, med översvämmade marknader och lägenhetshus, och parkerade bilar under vatten.
Invånare i kommunen Hongseong uppmanades på torsdagsmorgonen att evakuera omedelbart på grund av ett översvämmat vattendrag.
På torsdagskvällen, lokal tid, har knappt 1 400 personer evakuerats från sina hem och 46 flyg har ställts in.
Sydkorea är vanligen väl förberett för monsunregnen och dödstalen brukar vara relativt låga. Även 2022 kom rekordregn och översvämningar, då med elva dödsfall som följd.
