Enligt åklagarmyndigheten har mannen etablerat en relation med ryska FSB och kontinuerligt samlat in och fört över information till Moskva. Mannen anklagas också för att ha transporterat och sålt varor som omfattas av EU:s sanktioner i Ryssland.
Den estniska underrättelsetjänsten uppger att FSB ofta ser personer som korsar den estnisk-ryska gränsen som potentiella rekryter och avråder personer från att resa till Ryssland.
Under de senaste månaderna har liknande spionagefall lett till utvisning av två ryska medborgare till Ryssland.