Översvämningarna drabbade bland annat delstatens huvudstad Yola i söndags. Lokala myndigheter genomför sök- och räddningsinsatser och har öppnat härbärgen för hemlösa.
Samtidigt varnar myndigheterna för ytterligare regn och uppmanar invånare i översvämningsdrabbade områden att flytta till högre belägna området, uppger OCHA.
Kraftiga regn drabbat Nigeria mellan juni och november och orsakar ofta farliga översvämningar som förvärras av dålig infrastruktur och otillräcklig dränering. Över 200 personer har omkommit i översvämningar i landet i år, de allra flesta i den nordcentrala delstaten Niger.