Den första gruppen på 1 116 personer väntas börja lämna landets överfulla fängelser nästa vecka. Bland dem finns rivaler till den tidigare presidenten Joko Widodo som fängslades under hans mandatperiod och flera framstående oppositionsföreträdare.
Knappt två månader efter att han tillträtt i oktober i fjol meddelade Subianto att han planerade att benåda 44 000 fångar över hela Indonesien. Tidigare har landets ledare sällan utnyttjat den befogenheten, som kräver parlamentets godkännande.
Myndigheterna väntas inom kort överlämna en andra lista till parlamentet med ytterligare 1 688 fångar som kan komma att friges.