Journalister vid nyhetsbyrån rapporterade att de hört smällar över Jerusalem.
"Sirener ljöd i flera områden i Israel efter en projektil som avfyrades från Jemen", skrev militären, strax efter att ha sagt att luftförsvarssystem "agerar för att slå ut hotet".
Efter en stund kom beskedet från IDF om att roboten skjutits ner.
Israel har flera gånger attackerats med robotar skickade av den Iran-stödda Huthirörelsen i Jemen.
