Totalt har 19 personer åtalats, bland dem fyra huvudmisstänkta. De fyra har erkänt sig skyldiga, skriver den statliga ryska nyhetsbyrån Tass på sin hemsida med hänvisning till en advokat som representerar ett stort antal offer.
Den extremislamistiska terrorrörelsen IS tog tidigt på sig attacken. I uppgifter som läckt ut från förhör med de misstänkta heter det att de genomförde massakern för pengar. Det ryska maktcentret Kreml har samtidigt hävdat att terroristerna var del av en västerländsk och ukrainsk konspiration, utan egentliga belägg.
De fyra huvudmisstänkta är alla från Tadjikistan. En AFP-reporter hann se att de framträdde i handfängsel i glasburar i rättssalen i Moskva, innan domaren beslutade om stängda dörrar. Förhandlingarna fortsätter på tisdag och torsdag, enligt domstolens hemsida.