Den kontroversielle presidenten stod på flaket till en pickup på onsdagen lokal tid när demonstranter började kasta föremål och stenar mot honom, skriver flera internationella medier.
Milei fördes i säkerhet av säkerhetspersonal och kunde senare lägga upp en bild där han gör tummen upp. Han ska inte ha skadats i händelsen.
I ett inlägg på Instagram skriver han att demonstranterna tog till våld eftersom de inte har några egna idéer.
Milei har utstått hård kritik efter att en korruptionsskandal skakat Argentinas myndighet för personer med funktionsvariationer. Under hans tid som president har inflationsnivån fallit i landet, men det har inte gjort mycket för hans popularitet bland väljarna.