Bland de saknade finns flera flickor samt ett spädbarn, meddelar Myss Belmonde Dogo, minister för sammanhållning och solidaritet, på Facebook.
Flodhästen ska ha tippat den långsmala kanotliknande båten när den färdades längs Sassandra-floden nära staden Buyo i den sydvästra delen av landet.
Tre av de fjorton personerna ombord har räddats och en sökinsats pågår efter resten.
Runt 500 flodhästar bedöms finnas i Elfenbenskusten. Forskning från 2022 visar att flodhäst är den djurart i landet som i möten med människor orsakar flest skador och dödsfall.
