Ett 15-tal personer har bekräftats döda, varav minst nio på Bali. Ytterligare sex personer saknas efter ovädren som har tvingat fram evakueringar, enligt katastrofmyndighetens talesperson Abdul Muhari.
Sydvästra Bali drabbades särskilt hårt, och vattnet fortsatte att stiga på onsdagen. På ön Flores har ett 20-tal byar isolerats då vägar totalförstörts.
De höga vattennivåerna på ön Flores uppgavs dock sjunka under dagen.
De tropiska stormarna slog till mot öarna i början av veckan, och i flera regioner har el och vatten stängts av på grund av säkerhetsrisker.
