Aidarus al-Zubaidi som leder separatiströrelsen ”Södra övergångsrådet”, STC, har förts via båt till Somalia för vidare transport till Abu Dhabi, enligt ett uttalande från saudisk militär.
Anklagelserna ökar ytterligare på spänningarna mellan grannländerna.
Klicka här för att följa oss på GoogleSaudiarabien har genomfört flera anfall sedan separatister tillhörande STC tog kontroll över stora delar av den stora nordöstliga provinsen Hadramaut i Jemen förra månaden.
STC vill att landet delas upp i två delar, så som det var 1967 till 1990.
Fler än 150 000 människor – både civila och stridande – har dödats i kriget i Jemen, som har pågått i över ett årtionde och lett till en av världens största humanitära katastrofer.
