Högerradikale Bolsonaro dömdes i fjol till 27 års fängelse för kuppförsök efter att han förlorade valet 2022.
Lagen drevs igenom av den konservativa majoriteten i kongressen. Den förhindrar sammanräkning av fängelsestraff för brott av liknande art och berör även straffen för de hundratals Bolsonaroanhängare som dömdes för inblandning i kuppförsöket.
Att vetot mot lagen nu är hävt kan innebära att Bolsonaro får sitt straff rejält förkortat. Nya turer kan dock följa då kongressens beslut kan komma att överklagas till Högsta domstolen.
71-årige Bolsonaro avtjänar för närvarande sitt straff i husarrest efter att ha varit inlagd på sjukhus.
