"Jag är väldigt stolt över att få den här möjligheten", säger Jones, som sånär tog Luton till högsta engelska ligan förra säsongen, till klubbens webbplats.
"Såklart ville jag leda ett lag i Premier League, det har jag drömt om sedan jag blev tränare".
Jones ersätter Ralph Hasenhüttl som sparkades efter 1–4-förlusten mot Newcastle i helgen.
Chris Cohen och Alan Sheehan är nya tränare i A-lagsstaben.
