Duon drabbades samman under onsdagen när det var dags för årets första, riktiga, bergsklättringen. Då tvingades Pogacar till slut släppa i väg Vingegaard.
Torsdagens etapp sträckte sig över 145 kilometer från Tarbes till Cauterets-Cambasque.
Uppför den sista stigningen, och med 2,5 kilometer kvar, drog Pogacar ifrån och cyklade ensam i mål.
Jonas Vingegaard leder dock sammandraget och har 25 sekunder ner till Tadej Pogacar.
