Duon, som också fick ta emot varsin Ballon d'Or i slutet av oktober i fjol, fanns förstås också med i de världselvor som prisades under galan.
Messi slog Erling Haaland och Kylian Mbappé, och Bonmati vann över landslagskollegan Jennifer Hermoso och Linda Caisedo.
Marta fick ta emot Fifas specialpris för sin enastående karriär, och var tårögd när hon höll sitt tacktal.
— Den här stunden betyder så mycket för mig. Det är svårt att hitta orden för att beskriva hur jag känner. Jag hoppas det här visar varenda kvinna vad de kan uppnå, inte bara i fotboll, säger hon.
Efter Martas tal tillkännagavs det att det vid nästa års gala införs ett pris för det mest spektakulära målet på damsidan, Marta-priset.