Mittsexans ena knä vek sig under en ligamatch med franska Nantes förra veckan. Efter magnetkameraundersökning konstaterades en skada på korsbandet och nu tvingas hon till operation, skriver handbollslandslaget på sin hemsida.
"Det är alltid tråkigt att råka ut för skador, särskilt ett OS-år, så det får kännas lite tungt just nu", säger Anna Lagerquist i ett uttalande.
Den rutinerade försvarsspecialisten missar närmast EM- och OS-kvalen. Sverige samlas i Reykjavik nästa vecka för match mot Island i den tredje omgången av EM-kvalet. Ingen ersättare kallas in till den matchen, som spelas på onsdag nästa vecka, men det kan bli aktuellt att förstärka truppen till returmötet i Karlskrona den 2 mars.
"Det är klart att hon kommer att saknas för oss, men vi har också duktiga spelare bakom som får möjlighet att kliva fram. Framför allt lider jag med Anna som nu har en lång rehabiliteringsperiod framför sig, men jag tror och hoppas att hon kommer tillbaka starkare, bättre och ännu mer motiverad efter det här", säger Sveriges förbundskapten Tomas Axnér.
OS avgörs i Paris i sommar. EM inleds i november.