Matchvinnare blev Granit Xhaka, som i den 16:e minuten skickade in finalens enda mål från distans.
Leverkusen vann Bundesliga i stor stil före giganten Bayern München och har haft en makalös säsong. Inför onsdagens finalförlust i Europa League i Dublin hade Leverkusen spelat 51 raka tävlingsmatcher under säsongen utan förlust.