19-åringen från Kristianstad, som tog två EM-brons i somras, simmade på 1.05,13 och slog personligt rekord med 63 hundradelar i sin VM-debut.
Men för ett avancemang till onsdagskvällens semifinal saknades 16 hundradelar.
I stället tog lagkamraten Sophie Hansson sista semifinalplatsen på 1.04,97.
Sverige tog sig vidare med näst bästa tid i mixedlagkappen 4x50 meter medley.
Kvartetten Louise Hansson, Daniel Kertes, Sara Junevik och Elias Persson noterade 1.37,28 och var två hundradelar bakom Kanada som var snabbast.
Junevik tog sig också vidare till semifinal på 100 meter fritt med 13:e tid, 52,84.
