34-åringen, som haft ett långt tävlingsuppehåll, sprang på tiden 1.06.36 i Lissabon i mars.
Däremot hade hon inte gjort sig tillgänglig för dopningskontroll minst sex månader före tävling, vilket är ett krav. Det gör att resultatet, det svenska rekordet, ogiltigförklaras av Antidoping Sverige, enligt förbundet.
Aregawi har fått avslag på sin ansökan om dispens från sexmånadersregeln.
Abeba Aregawi, född i Etiopien, började tävla för Sverige 2012 och var då en världsstjärna. Hon tog sedan bland annat VM-guld för Sverige på 1 500 meter i Moskva 2013.
Aregawi testades positivt för dopning 2016 men friades samma år sedan hennes nivåer av substansen meldonium var under antidopningsorganisationen Wadas gränsvärden.
