Argentinaren gjorde 1-0 efter 77 minuters spel. Inhopparen Ibrahim Afellay tog sig runt på högerkanten och hittade in till anfallaren som stötte in bollen.
I slutskedet av matchen slog 23-åringen till med ett supermål. Han rann igenom hela "Los Blancos" försvar och placerade in 2-0 med högerfoten.
Nu är Barça nära att få spela Champions League-finalen på Wembley.
"Kunde ha räckt med gult kort"
Det var en tuff semifinal och det lär snackas om utvisningarna efter matchen. Real-spelaren Pepe fick rött kort efter en sen tackling mot Dani Alves.
- Sådana där situationer ser vi mängder av. Jag tycker det är hårt att han för det röda kortet. Det kunde ha räckt med gult kort, säger TV3:s expert Glenn Strömberg.
Madrid-tränaren Jose Mourinho protesterade mot domslutet och visades upp på läktaren.
Den katalanska klubben fick målvakten Jose Manuel Pinto, som satt på bänken, utvisad efter ett bråk i halvtid.
Se Messis första mål här
