Biotages aktie sjunker med 2,4 procent efter beskedet.
Styrelseordförande Torben Jørgensen går in som tillförordnad vd under arbetet med rekryteringen av en ny vd. Jørgensen skriver i en kommentar att "det krävs ett nytt ledarskap med en annan profil".
Han kommer under sin tid på vd-stolen att ersättas på ordförandeposten av Kieran Murphy.
Uppsalabaserade Biotage, med cirka 700 anställda, tar bland annat fram verktyg för arbetsflöden inom forskning och tillverkning av läkemedel och diagnostik.