Kvinnan greps under midsommarhelgen när hon paddlade med kajak nära den militära anläggningen. Bland annat ska hon ha fotograferat en underjordisk bergsanläggning som klassas som skyddsobjekt.
Hon är nu häktad misstänkt för obehörigt tillträde till skyddsobjekt och olovlig avbildning av skyddsobjekt. Kvinnan talar ryska och estniska.
Till P4 Stockholm säger åklagaren Julia Täbäck att kvinnan medger att hon varit på platsen men att hon förnekar brott.
Försvarsmaktens marinbas på ön Muskö ligger i Stockholms södra skärgård i Haninge kommun.
