Demonstranterna kräver att FN:s fredsbevarande styrka, Monusco, lämnar landet.
Monusco har kritiserats lokalt för vad som anses vara ett misslyckande över att stoppa striderna i landets konflikthärjade östra delar.
Över 120 beväpnade grupper huserar i regionen, där massakrer mot civila är vanligt förekommande och miljoner människor tvingats fly.
Före stormningen läste ungdomsförbundet i regeringspartiet UDPS upp ett uttalande som krävde att Monusco lämnar Kongo. Samma krav har också uttalats av den kongolesiska senatens talman.
Stormningen fördöms av FN:s representant på plats.
