Polisen använde även tårgas för att skingra människorna som protesterade mot FN-styrkan, enligt en AFP-journalist på plats.
Varningsskotten kom dagen efter att två personer dödats och 15 skadats då soldater från Monusco-styrkan öppnat eld vid en gränsövergång till Uganda.
FN:s generalsekreterare António Guterres framförde under söndagen "sina djupaste kondoleanser" till de som drabbats och till landets regering och uppmanade till att händelsen ska utredas.
