Enligt den israeliska militären öppnade soldaterna eld sedan beväpnade män som färdades i en bil skjutit mot dem.
Militären säger att de senare konfiskerade automatkarbiner i fordonet.
På lördagen avled också en palestinsk man av de skador han åsamkats i samband med en sammandrabbning med israelisk militär för två veckor sedan, enligt palestinska sjukvårdskällor.
Med lördagens händelser har redan tolv palestinier dödats i år till följd av våld mellan israeler och palestinier.
