Vapenvilan ska nu gälla fram till mitten av juli, medan fredssamtal fortsätter i huvudstaden Bogotá.
President Gustavo Petro säger att ett krav för fortsatta förhandlingar är att EMC inte attackerar civila i de områden gruppen kontrollerar.
EMC tros bestå av runt 3 500 personer och leds av Farc-rebeller som inte godtar det fredsavtal som Farc-gerillan skrev under 2016 och då avväpnades.
När vänsterpolitikern Petro tillträdde som president 2022 lovade han att söka andra lösningar än militära för att få ett slut på våldet från väpnade grupper.