Soldaterna hamnade i "en fälla, där en bomb utlöstes", sade presidenten på en presskonferens på fredagen. Patrullen sökte efter misstänkta medlemmar i en knarkkartell när de hamnade i bakhållet.
I området utmanas den mäktiga knarkkartellen Jaliscos nya generation av rivaliserande grupper. Lokala medier rapporterar att militären även övervakades och eventuellt attackerades av drönare.
Enligt nyhetsbyrån AFP hade fyra soldater dött av sina skador på fredagen.