Händelsen var den andra stora masskidnappningen på en vecka i Afrikas mest befolkade land. Kidnappningen genomfördes av tungt beväpnade kriminella på motorcyklar.
En lärare vid skolan sade att personalen lyckades fly med många elever när de beväpnade männen attackerade tidigt på torsdagen och sköt i luften.
— Under tidig morgon... vi hörde skottlossning från banditer och innan vi förstod vad som hände hade de samlat ihop barnen, sa lokalbon Musa Mohammed till AFP.
Bortförandet från skolan och masskidnappningen för en vecka sedan från ett läger för människor som fördrivits av jihadister, illustrerar den utmaning som Tinubu står inför, efter att ha lovat att göra Nigeria säkrare och få in fler utländska investeringar.
De två masskidnappningarna inträffade nästan tio år efter det uppmärksammade fallet när Boko Haram-jihadister kidnappade fler än 250 skolflickor.
Flera av flickorna saknas fortfarande.