Enligt departementet dödades tolv personer – bland dem barn – i attacken.
Israels militär säger till AFP att händelsen undersöks.
Området al-Mawasi har blivit hem för tusentals palestinier som tvingats till flykt under krigets snart sex månader.
Många av dem bor i provisoriska tält och fördrevs från området kring al-Shifasjukhuset i Gaza stad, Gazaremsans största sjukhus som varit mål för en israelisk räd i över en vecka.
