Kvinnorna hålls frihetsberövade i huvudstaden Moroni i väntan på att ställas inför rätta.
"Det är väl fastställt att dessa två tjejer var i ett kärleksfullt förhållande med varandra och att de bott ihop i nästan två år", säger åklagare enligt AFP.
De riskerar upp till två års fängelse eller böter på motsvarande nära 7 000 kronor.
